Situé dans le haut de la ville de Louvain-la-Neuve, le bâtiment qui accueille le musée est une réalisation de l’architecte André Jacqmain. Conçu et construit de 1969 à 1975, c’est un des premiers bâtiments à avoir été édifié après le transfert de l’Université en terres wallonnes. Il devait, de façon symbolique et à travers son caractère monumental, signifier l’Université et proclamer son rôle intellectuel. Le mobilier, signé par le designer Jules Wabbes et destiné à équiper ce qui était à l’origine la Bibliothèque des Sciences a été en partie réintégré dans le musée.